Mondwater is over het algemeen veilig, maar kan in sommige gevallen bijwerkingen hebben. Het is belangrijk om mondwater alleen te gebruiken zoals voorgeschreven en de instructies op de verpakking te volgen. Mondwater kan bijvoorbeeld bij sommige mensen irritatie of gevoeligheid van het mondslijmvlies veroorzaken. Daarnaast kan mondwater met alcohol bij langdurig gebruik leiden tot een droge mond en zelfs tandbederf. Bij twijfel over het gebruik van mondwater, bijvoorbeeld tijdens de zwangerschap, is het altijd verstandig om een tandarts of arts te raadplegen.