Er bestaat niet één ideale organisatiestructuur die voor elke organisatie het beste is. De meest effectieve structuur hangt af van verschillende factoren, zoals de grootte van de organisatie, de branche, de strategie, de cultuur en de doelstellingen. Wel zijn er een aantal algemene richtlijnen die kunnen helpen bij het bepalen van de meest geschikte organisatiestructuur.
Een goede organisatiestructuur moet bijvoorbeeld aansluiten op de strategie van de organisatie. Als de strategie bijvoorbeeld gericht is op innovatie en snelheid, dan kan een platte organisatiestructuur met weinig hiërarchie en veel autonomie voor medewerkers het meest effectief zijn. Als de strategie daarentegen gericht is op stabiliteit en controle, dan kan een meer hiërarchische en gecentraliseerde organisatiestructuur beter werken.
Verder moet de organisatiestructuur ook passen bij de cultuur van de organisatie. Als de organisatie bijvoorbeeld een open en informele cultuur heeft, dan kan een platte organisatiestructuur met veel ruimte voor communicatie en samenwerking effectief zijn. Een meer formele en gesloten cultuur kan juist beter aansluiten bij een hiërarchische en gecentraliseerde organisatiestructuur.
Tot slot is het van belang dat de organisatiestructuur flexibel genoeg is om te kunnen inspelen op veranderingen in de omgeving. Een organisatie die snel kan aanpassen en inspelen op veranderingen in de markt heeft doorgaans een betere kans op succes dan een organisatie die vasthoudt aan een verouderde structuur die niet meer past bij de huidige omstandigheden.