Een gewrichtspunctie kan ongemak en pijn veroorzaken, maar dit verschilt van persoon tot persoon. De ingreep kan worden uitgevoerd onder lokale verdoving om de pijn te minimaliseren. De pijn kan variëren afhankelijk van het gewricht dat wordt gepuncteerd en de hoeveelheid vloeistof die wordt verwijderd. Het is belangrijk om te weten dat een gewrichtspunctie over het algemeen als een veilige procedure wordt beschouwd. Het kan helpen om de pijn en zwelling te verminderen en kan de arts ook helpen bij het stellen van een diagnose.